Il s'agit d'une chronologie des événements dans l'univers Prototype.
1939[]
- Peter Randall est né.
1955[]
- 10 Janvier: Raymond McMullen est né.
1960[]
- 2 Février: Bradley Ragland est né.
1962[]
- 9 Juin: Blackwatch est établi par DARPA et le département de l'armée.
1963[]
- Carnival I. Les hybrides chimériques du virus de l'ADN indésirable découvert par Project Blackwatch injecté dans les animaux pour les tests.
1964[]
- 11 Juin: Carnival II. Hope, Idaho est établi comme une communauté autonome dans laquelle tester le virus Redlight.
1968[]
- 6 Août: Michael K. Allan, le dernier des enfants Hope, meurt.
- 8 Août: une épidémie du virus Redlight a lieu à Hope, Idaho.
- 11 Août: 70% de la population de Hope est infectée.
1969[]
- 5 Juillet: l'opération Altruiste commence.
- 7 Juillet: l'opération Altruiste se termine. Hope, Idaho est détruit, Elizabeth Greene et Pariah sont récupérées.
- 1er Août: Pariah a déménagé dans la salle blanche de la base aérienne de Vandenberg dans le cadre du Project Crusade.
1971[]
- Robert Cross est né.
1974[]
- James Heller est né.
1975[]
- 21 Juillet: Raymond McMullen obtient un doctorat en génétique à l'Université de Pennsylvanie.
1976[]
- 1er Janvier: Karen Parker est née.
- 1er Novembre: Raymond McMullen a créé Gentek.
1978[]
- Le général Peter Randall assume une maîtrise complète de Blackwatch.
- 1er Octobre: Elizabeth Greene est déplacée de Fort Detrick à New-York, l'assistance médicale île du Gouverneur
1979[]
- Alex Mercer est né.
1986[]
- 1er Novembre: Bradley Ragland obtient un doctorat à l'Université Johns Hopkins.
1987[]
- 9 Septembre: le Dr Bradley Ragland est embauché par les projets spéciaux Gentek.
1988[]
- Dana Mercer est née.
1989[]
- 1er Janvier: Elizabeth Greene est transférée à l'établissement Gentek sur demande de McMullen.
- Raymond McMullen publie un morceau sur des séquences non codantes dans l'ADN indésirable. Il est abordé par Blackwatch pour travailler sur Blacklight.
1992[]
- 1er Décembre: le Dr Bradley Ragland quitte Gentek, refusant de travailler sur Blacklight.
2002[]
- 1er Février: Karen Parker est engagée par Gentek.
2003[]
- 7 Juillet: Karen Parker est titulaire d'un doctorat en génétique à l'Université Rutgers.
2008[]
JOUR 00[]
- Mercer s'échappe de la morgue de Gentek. La première collection de Marines arrivent à L'île de Manhattan.
JOUR 01[]
- Mac Marshall souffle l'appartement de Mercer avec Mercer à l'intérieur. Mercer survit à l'explosion et consomme Marshall.
JOUR 03[]
- L'infection est confirmée.
- Cross est chargé par Peter Randall d'assassiner Mercer.
- Mercer libère Elizabeth Greene de la garde Blackwatch au bâtiment Gentek. Greene envoie plusieurs chasseurs pour attaquer Mercer; Mercer mène les Chasseurs à une base militaire voisine, où il tue les Chasseurs et détruit la base. Un autre infecté échappe à la construction de Gentek envahissant les forces militaires à proximité.
- L'île de Manhattan est scellée en réponse à l'évasion de Greene - les métros sont fermés et les ponts sont fortifiés. Le Commandement de la Couronne rouge est établi à Battery Park.
- Mercer trouve Karen Parker. Il secoue un APC et l'utilise pour détruire la ruche près de son appartement; Mercer utilise alors l'APC pour l'éloigner des Infection et Militaire en toute sécurité.
JOUR 04[]
- 4% de la population de Manhattan est infectée.
- Karen va à son laboratoire.
- Mercer rassemble du matériel génétique à partir de tours d'eau infectées et une ruche pour l'utilisation de Karen.
JOUR 05[]
- L'USS Ronald Reagan arrive dans le port de New York pour aider les forces Blackwatch à isoler l'île.
- Mercer consomme un commandant Blackwatch pour se lancer sur McMullen. Il découvre que les patrouilleurs de Blackwatch cherchent le coffre-fort de Dana; Mercer détruit toutes les patrouilles qui cherchent en réponse.
JOUR 06[]
- 20% de la population de Manhattan est infectée.
- Mercer détruit 10 détecteurs Viraux afin d'empêcher la détection de la maison de sécurité de Dana.
- Cross est donné au parasite, et il est chargé d'injecter Mercer avec McMullen.
- Mercer tente d'inciter McMullen à atterrir près d'une ruche en sabotant quatre détecteurs viraux; McMullen détermine qu'il est en train d'être trompé et débarque l'atterrissage.
JOUR 07[]
- Karen s'occupe de Mercer en obtenant du matériel génétique à l'intérieur d'une ruche.
- Alors que Mercer rassemble le matériel, Cross entre et pousse et attaque, ce qui fait que Mercer se rend compte qu'il a été trahi. Cross est presque vaincu, mais il injecte Mercer avec le parasite, annulant beaucoup de ses pouvoirs. Appels croisés pour une équipe de confinement, mais Mercer échappe.
- Dana recommande à Mercer d'enquêter sur Bradley Ragland pour une autre avance sur McMullen.
- Le parasite forme une bosse sur le dos de Mercer.
- Mercer rencontre Ragland, en demandant qu'il crée un remède contre Blacklight. Ragland s'occupe de Mercer pour trouver l'emplacement de Patient Zero; Mercer découvre qu'un grand nombre de cadavres infectés qui peuvent inclure le patient ne réside pas dans une base militaire abonadonnée voisine.
JOUR 08[]
- 49% de la population de Manhattan est infectée.
- Mercer s'effondre en raison des effets du parasite dans le laboratoire de Ragland. Quand il se réveille, Ragland crée un moyen d'enlever le parasite.
- Mercer apporte Ragland à la base militaire, où Ragland enquête sur les cadavres. Hydra émerge lorsque Ragland et Mercer partent avec un échantillon d'un des cadavres. Ragland est finalement retourné à son laboratoire en toute sécurité.
- Mercer retourne à Ragland plus tard et reçoit une seringue avec un parasite. Ragland ordonne à Mercer d'injecter le parasite dans un chasseur puis de le consommer. Mercer le fait et le parasite sur le dos est enlevé.
JOUR 09[]
- Dana est enlevée par un Chef Chasseur. Mercer poursuit le chasseur, mais il échappe finalement.
JOUR 10[]
- 68% de la population de Manhattan est infectée.
- Mercer trouve un autre Chef Chasseur et tente de le consommer. La tentative échoue, donc Mercer subjugue le Chasseur dans une base militaire abandonnée.
- Ragland dit à Mercer une technique pour consommer les Chef Chasseurs. Mercer utilise la technique pour consommer le leader Chasseur Chef. Mercer obtient alors la possibilité d'utiliser la vision Infectée, ce qui lui permet de pénétrer dans l'Enseignement Infecté. Mercer suit ensuite et consomme le Chef Chasseur qui a enlevé Dana, découvrant l'emplacement de Dana dans la ruche Core.
- Mercer aide les militaires à détruire 3 rucheurs exceptionnellement forts entourant la ruche de l'âme, puis prend leur char Thermobarique à la ruche centrale pour la briser.
- Mercer entre dans la ruche centrale et rencontre Greene. Il l'injecte avec un parasite, créant un Chasseur Suprême. Greene échappe à l'attaque de la ruche centrale. Mercer vainc le Chasseur Suprême, ce qui l'entraîne à se désintégrer. Mercer récupère alors Dana et l'amène à Ragland. Ragland dit à Mercer un contact qui veut l'aider contre Blackwatch.
JOUR 11[]
- Mercer contacte le contact, Cross, par téléphone. Cross dit à Mercer que l'armée envisage d'utiliser une nouvelle arme pour tuer Mercer. Mercer, déguisé, utilise un hélicoptère pour aider les militaires contre les infectés jusqu'à ce qu'il soit appelé à un briefing spécial au commandement de Red Crown. Mercer inhale Bloodtox et échappe à Red Crown avant que Blackwatch ne puisse le capturer. Super soldats sont d'abord déployés lors de cette infiltration de Red Crown.
JOUR 12[]
- 81% de la population de Manhattan est infectée. Alex Mercer défaite et consomme Elizabeth Greene.
JOUR 15[]
- 60% de population infectée. Le colonel Ian Taggart panique et prépare sa propre évacuation, contrairement aux ordres de Gen. Randall.
JOUR 18[]
- Le feu commence. Reagan est compromis alors que Alex Mercer se faufile à bord du transporteur sous la forme d'Ian Taggart, tandis que le Chasseur Suprême le fait aussi, déguisé en Robert Cross. Après une bataille, Alex Mercer détruit le missile nucléaire à deux cents milles de la côte de New York, empêchant la destruction de la ville. L'USS Ronald Reagan quitte New York.
2010[]
- Alex Mercer, intentionnellement, relance le virus Blacklight à Penn Station, pour la deuxième fois.
- James Heller est infecté par le virus, devenant ainsi le nouveau Prototype.
- Les super soldats du code D sont relancés par le projet "Orion".
- Par Anton Koenig, il est révélé que Mercer a créé une race de Evolved, et les a répandus dans NYZ, en particulier chez Blackwatch et Gentek.
- Blackwatch et Gentek révèlent un remède contre le virus Blacklight; le composé "Whitelight".
- Heller perturbe le projet de Mercer de tacher et de libérer le Whitelight, qui aurait propagé le virus plutôt que de le guérir.
- Heller découvre que sa fille a survécu à l'épidémie.
- Heller confronte et consume Alex Mercer, devenant le nouveau chef de l'Infecté.