Esta es una cronología de los acontecimientos en la Saga Prototype.
1939[]
- Nace Peter Randall.
1955[]
- 10 de enero: Nace Raymond McMullen.
1960[]
- 02 de febrero: Nace Bradley Ragland.
1962[]
- Comienza el Proyecto Redlight.
- 09 de junio: Blackwatch es establecido por DARPA y el Departamento del Ejército.
1963[]
- Carnival I: La inoculación del virus Redlight en animales es exitosa. Tras ello, el gobierno estadounidense aprueba la experimentación humana.
1964[]
- 11 de junio: Carnival II. Hope, Idaho es establecido como una comunidad autosuficiente en la que probar el virus Redlight.
1965[]
- 27 nacimientos tienen lugar en Hope, cuyos infantes son denominados como los "Niños de Hope".
1967[]
- Elizabeth Anne Greene llega a Hope, Idaho junto a su padre.
1968[]
- 06 de agosto: Michael K. Allan, el último de los "Niños de Hope", muere. Coincidentemente, Greene es infectada por el virus.
- 08 de agosto: Ocurre el Brote de Hope.
- 11 de agosto: El 70% de la población de Hope es infectada.
1969[]
- 05 de julio: Comienza la Operación Altruistic.
- 07 de julio: Concluye la Operación Altruistic. Hope, Idaho es destruido, Elizabeth Greene junto a PARIAH son recuperados y considerados como activos militares.
- Blackwatch cambia su mandato a la "Detección, Ocultación y Prevención de brotes virales de patógenos desconocidos, tanto modificados como naturales, en suelo estadounidense", siendo a partir de ese punto una unidad de Fuerzas Especiales independiente del Ejército encargada de la contención de brotes virales que representen una amenaza biológica.
- 01 de agosto: PARIAH es trasladado a la Base Vandenberg de la Fuerza Aérea. Por su parte, Greene es trasladada a Ft. Detrick.
1971[]
- Nace Robert Cross.
1975[]
- 21 de julio. Raymond McMullen obtiene su doctorado en genética en la Universidad de Pennsylvania.
1976[]
- 01 de noviembre: Raymond McMullen establece Gentek, una compañia de investigación biológica y genética.
1978[]
- Peter Randall asume el mando total del Primer Comando de Guerra Biológica, como teniente general.
- 01 de octubre: Elizabeth Greene es movilizada desde Ft. Detrick a la estación médica de Governor's Island, ubicada en la ciudad de Nueva York.
1979[]
- 16 de julio: Nace Alexander J. Mercer.
1981[]
- 1 de enero: Nace Karen Parker.
1986[]
- 01 de noviembre: Bradley Ragland gana su doctorado en medicina en la Universidad Johns Hopkins.
1987[]
- 09 de septiembre: El Dr. Bradley Ragland es contratado por Gentek para sus proyectos especiales.
1988[]
- Nace Dana Mercer.
- Blackwatch se asocia con Gentek, tras la publicación de Raymond McMullen de su tesis sobre secuencias no codificantes en el ADN y la memoria genética.
1989[]
- 1 de enero: Comienza el Proyecto Blacklight. Elizabeth Greene es trasladada al edificio de Gentek, ubicado en la isla de Manhattan.
1992[]
- 1 de diciembre: El Dr. Bradley Ragland abandona Gentek, negándose a trabajar en Blacklight. Tras su retiro, Blackwatch lo mantuvo vigilancia, aunque lo consideraba un "riesgo de baja prioridad".
1999[]
- Alex Mercer es contratado por Gentek.
2002[]
- Mercer desarrolla la cepa artificial del virus Blacklight, "DX-1118 C"
- 01 de febrero. Karen Parker es contratada por Gentek.
2003[]
- 07 de julio: Karen Parker obtiene su doctorado en genética en la Universidad de Rutgers.
2007[]
- Dana Mercer llega a Nueva York en búsqueda de su hermano.
- El Proyecto Blacklight es examinado por el Congreso de los Estados Unidos, cuya declaración sobre la investigación fue que habían muchas "fugas de información". En respuesta, Blackwatch comenzó a encubrir todo el experimento, orquestando toda una purga sobre los científicos de Gentek.
2008[]
Día 00[]
- 24 de octubre: Temiendo por su vida, Alex Mercer huye con un vial que contenía una pequeña muestra del virus Blacklight. Es acorralado en Penn Station por agentes de Blackwatch y asesinado a tiros tras liberar el virus sobre la isla de Manhattan.
- Comienza la Operación Redlight. Tras ser notificado, el general Randall asigna un gran destacamento del Cuerpo de Marines al coronel Ian Taggart, quien después sería el oficial público de la posterior Ocupación de Manhattan.
Día 01[]
- 25 de octubre: Alex Mercer despierta en la morgue de Gentek y huye del lugar, siendo ahora la encarnación del virus Blacklight. El destacamento del Cuerpo de Marines arriba a Nueva York.
Día 02[]
- 26 de octubre: El capitán Mac Marshall detona el apartamento de Alex Mercer con él dentro. Mercer sobrevive a la explosión, rastrea y consume a Mac Marshall.
Día 03[]
- 27 de octubre: La infección es confirmada en la isla de Manhattan.
- Peter Randall asigna al capitán Cross para la búsqueda y captura de Zeus.
- Mercer libera por error a Elizabeth Greene de su celda en Gentek.
- Tras la fuga de Greene, Blackwatch hace su aparición estelar en Times Square y declara ley marcial sobre la isla de Manhattan, con apoyo del Ejército, la Armada y Fuerza Aérea estadounidense: se ejecuta un bloqueo y cuarentena militar bajo órdenes del coronel Taggart, con el cual se cierran los puentes y túneles. Las fuerzas Specter logran establecerse en Battery Park, nombrado bajo el indicativo "Palacio".
- Mercer encuentra a Karen Parker . Secuestra un APC y lo usa para destruir la Colmena cercana de su apartamento; Mercer luego usa el APC para alejarla de los infectados y militares de manera segura.
Día 04[]
- 28 de octubre: El 4% de la población de Manhattan está infectada.
- Karen va a su laboratorio.
- Mercer reúne material genético de torres de agua infectadas y una Colmena para el uso de Karen.
Día 05[]
- 29 de octubre: El USS Ronald Reagan llega a Nueva York en apoyo de la Operación Redlight.
- Mercer consume a un comandante Specter para obtener una pista sobre McMullen. Descubre que las patrullas de Blackwatch están buscando el Piso Franco de Dana; Mercer destruye todas las patrullas que buscan en respuesta.
Día 06[]
- 30 de octubre: El 20% de la población de Manhattan está infectada.
- Mercer destruye 10 detectores virales para evitar que se detecte el Piso Franco de Dana.
- Cross recibe el parásito y McMullen le encarga que se lo inyecte a Mercer.
- Mercer intenta engañar a McMullen para que aterrice cerca de una colmena saboteando cuatro detectores virales; McMullen determina que lo están engañando y aborta el aterrizaje.
Día 07[]
- 31 de octubre: Karen le encarga a Mercer que obtenga material genético del interior de una Colmena. Mientras Mercer reúne el material, Cross ingresa al lugar y ataca, lo que hace que Mercer se dé cuenta de que ha sido traicionado. Cross está casi derrotado, pero inyecta a Mercer con el parásito, anulando muchas de sus habilidades. Cross llama a un equipo de contención, pero Mercer escapa.
- Dana recomienda que Mercer investigue a Bradley Ragland en busca de otra pista sobre McMullen.
- El parásito se convierte en un bulto en la espalda de Mercer.
- Mercer se encuentra con Ragland y le pide que desarrolle una cura para Blacklight. Ragland le encarga a Mercer que encuentre la ubicación del Paciente Cero; Mercer descubre que una gran cantidad de cadáveres infectados que pueden incluir al paciente cero residen en una base militar abandonada cercana.
Día 08[]
- 01 de noviembre: El 49% de la población de Manhattan está infectada.
- Mercer colapsa debido a los efectos del parásito en el laboratorio de Ragland. Cuando se despierta, Ragland inventa una forma de eliminar el parásito.
- Mercer lleva a Ragland a la base militar, donde Ragland investiga los cadáveres. Una Hydra emerge cuando Ragland y Mercer se van con una muestra de uno de los cadáveres. Ragland finalmente regresa a su laboratorio de manera segura.
- Mercer regresa a Ragland más tarde y recibe una jeringa con un parásito. Ragland le indica a Mercer que inyecte el parásito en un cazador y luego lo consuma. Mercer lo hace y se elimina el parásito en su espalda.
Día 09[]
- 02 de noviembre: Dana es raptada por un Cazador Líder. Mercer persigue al Cazador, pero finalmente escapa.
Día 10[]
- 03 de noviembre: El 68% de la población de Manhattan está infectada.
- Mercer encuentra otro Cazador Líder e intenta consumirlo. El intento falla, por lo que Mercer somete al Cazador en una base militar abandonada.
- Ragland le cuenta a Mercer una técnica para consumir al Cazador Líder. Mercer usa la técnica para consumir al líder cazador sometido. Mercer luego obtiene la habilidad de usar la Visión infectada, lo que le permite ingresar a la Mentalidad de Colmena. Mercer luego rastrea y consume al Cazador Líder que secuestró a Dana, descubriendo su ubicación en la Colmena Central.
- Mercer ayuda a las fuerzas estadounidenses en la destrucción de 3 Colmenas inusualmente fuertes que rodean la colmena central y luego lleva su tanque thermobárico a la colmena central para romperla.
- Mercer entra en la Colmena Central y se encuentra con Greene. Le inyecta el parásito, creando al Cazador Supremo. Greene escapa del ataque a la colmena central. Mercer derrota al Cazador Supremo y hace que se desintegre. Mercer luego recupera a Dana y la lleva a Ragland. Ragland le cuenta a Mercer sobre un contacto que quiere ayudarlo contra Blackwatch.
Día 11[]
- 04 de noviembre: Mercer contacta al contacto, Cross, por teléfono. Cross le dice a Mercer que Blackwatch planea usar un nuevo bioquímico para matarlo. Mercer, disfrazado, usa un helicóptero para ayudar a los estadounidenses contra los infectados hasta que lo llaman a una sesión informativa especial en el Palacio. Mercer inhala Bloodtox y escapa del lugar antes de que Blackwatch pueda capturarlo. Los Supersoldados D-CODE son desplegados por primera vez durante esta infiltración.
Día 12[]
- 05 de noviembre: El 81% de la población de Manhattan está infectada. Alex Mercer derrota y consume a Elizabeth Greene.
Día 15[]
- 08 de noviembre: 60% población infectada. Comienza la Operación FireBreak. El coronel Taggart entra en pánico y ordena la evacuación de las fuerzas estadounidenses presentes en Manhattan, en contra de la autoridad del general Randall.
día 18[]
- 11 de noviembre: El Reagan se ve comprometido cuando Alex Mercer se cuela a bordo del portaaviones disfrazado de Ian Taggart, mientras que el Cazador Supremo también lo hace, disfrazado de Robert Cross. Después de una batalla, Alex Mercer arroja el misil nuclear a doscientas millas de la costa de Nueva York, evitando la destrucción de la ciudad. El USS Ronald Reagan sale de Nueva York.
- Concluye la Operación Redlight: las fuerzas estadounidenses se retiran de la ciudad de Nueva York y representantes del gobierno estadounidense (como el vicepresidente y un senador) declaran que los eventos ocurridos en los "18 días más oscuros" fueron caso de terrorismo biológico y nuclear, prometiendo hallar a los responsables y dando un discurso motivador para los miembros pertenecientes a las Fuerzas Armadas.
2009[]
- 24 de octubre: Alex Mercer vuelve a Nueva York y libera el virus Blacklight por segunda vez e iniciando el Segundo Brote de Manhattan.
- Blackwatch se despliega en conjunto con fuerzas regulares. No obstante, poco a poco fue retirando sus fuerzas del teatro de operaciones, dejando sin apoyo importante a las fuerzas estadounidenses. Se pierde Central Park y se aprueba la Operación Damocles.
- Comienza la Operación Damocles: Se orquesta un bombardeo sobre el Norte de Manhattan.
- Posiblemente con aprobación gubernamental, se ejecuta la misma estrategia de contención del Primer Brote sobre la ciudad de Nueva York. Tras esta aprobación, todos los puentes que conectan con Manhattan son destruidos, junto con el intento de cierre de túneles.
2010[]
- La ciudad de Nueva York se encuentra renombrada como "Nueva York Zero", estando fragmentada en sus tres distritos principales: Brooklyn, Staten Island y Manhattan. Blackwatch ha desplegado toda una división al mando del coronel Douglas Rooks, ejerciendo un fuerte régimen totalitario y cometiendo en el proceso crímenes de guerra y crímenes de lesa humanidad junto al personal de Gentek.
- Durante una de sus patrullas en la Zona Roja, James Heller es infectado por Mercer, convirtiéndose en el nuevo Ser de Blacklight.
- Los Supersoldados D-CODE reviven mediante el Proyecto Orión.
- Mediante Anton Koenig, Heller descubre que Mercer ha creado otros infectados parecidos a ellos llamados "Evolucionados", esparcidos por todo NYZ con el objetivo de destruir a Blackwatch y Gentek desde dentro.
- Tras esta revelación, Heller es contactado por el Padre Luis Guerra desde la Zona Verde, pidiéndole que se reuna con él para revelarle algo doloroso: Mercer sí fue el causante del brote y estuvo manipulando a Heller para su propio beneficio. Lleno de rabia, Heller se dispone a detener las operaciones Evolucionadas y Specter en la Zona Verde.
- Blackwatch y Gentek revelan al público el desarrollo de un compuesto en aerosol que será una cura para la plaga: el Whitelight.
- Sabiendo de antemano la intervención Evolucionada detrás del desarrollo de Whitelight, Heller descubre que el compuesto habría propagado el virus en lugar de curarlo. Detiene inmediatamente su despliegue y en represalia, Mercer envía un grupo de Caminantes a la ubicación del Padre Guerra, provocando su muerte. Sin tiempo de asimilar el evento, Heller es contactado por Athena, la líder de la Resistencia, quien se revela como Dana Mercer, informándole sobre el paradero actual de su hija Amaya.
- Heller llega a la Zona Roja en búsqueda de su hija. Tras una serie de percances, como detener nuevamente la destrucción de Nueva York por parte de Blackwatch mediante la Operación FireHawk, Heller encuentra a su hija pero es raptada por una Evolucionada.
- Heller confronta y consume a su Creador, convirtiéndose en el nuevo Rey de la Colmena, y terminando de una vez por todas con el Segundo Brote de Manhattan.